Bij het autogeen lassen kunnen gevaarlijke gassen en dampen ontstaan uit de vlam en de daarin penetrerende lucht zoals kooldioxide, koolmonoxide, stikstofoxide (nitreuze dampen). Ook kunnen gassen en dampen vrijkomen uit verflagen (lood, zink, cadmium) of andere stoffen die zich op de te verbinden delen bevinden. Lood, zink en cadmium vereisen speciale maatregelen zoals: het werken in afgesloten, goed geventileerde, ruimten; persoonlijke ademhalingsbescherming en plaatselijke afzuiging.
Het is altijd noodzakelijk ruimten goed te ventileren en ervoor te zorgen dat er geen brandbare stoffen in de directe omgeving van de open gasvlam aanwezig zijn. Omdat niet met een elektrische vlamboog wordt gewerkt komt er praktisch geen ozon vrij bij het autogeen lassen. Gasflessen moeten op een veilige plaats gezet worden waar ze niet aan temperaturen boven de 50 ºC worden blootgesteld. Zuurstofventielen mogen nooit met olie of vet worden ingesmeerd. Altijd moet gebruik gemaakt worden van een vlamterugslagventiel en vlamdover in de acetyleenleiding.